牡丹和其它花卉一樣，必須舉行整枝修剪工作，以保持株形美觀，維持地上部門和地下部門器官生長平衡。
1 整枝:牡丹為叢生狀灌木，供觀賞定植的牡丹，每株留5-8個分枝，除去細弱的冗長枝。留下的枝條要分布均勻，高矮適度。如所留枝條部位不適時，也應除去，選留根頸處的土芽(分蘗芽)，培育成枝。供繁殖用的植株，可完全保留其所有土芽和枝條，愈繁密愈好，以分株培育枝干。
2 除芽:除芽可以保持枝條勻稱，開花興隆，整齊平等，控制花朵的多少和根部生長的強弱。植物名實圖考一書紀錄:"種牡丹者，必剔其嫩芽，則精脈聚于老干，故有芍藥打頭，牡丹修腳之諺。"牡丹的花芽生長在頂芽或頂芽下的第一個側(cè)芽。因此，牡丹除芽重要是保留頂芽，除去土芽和選留出來的枝條上無用芽。為了保持株形，還要摘除過高枝條的頂芽，留其側(cè)芽令其開花;頂芽發(fā)育不健全者，應留下發(fā)育較好的側(cè)芽。
除芽時間，一般在每年的春分與清明之間，過早，土芽尚未出土，在土壤內(nèi)，對根部養(yǎng)分還能起輸導作用;過遲，牡丹冗枝生長興旺，消耗了養(yǎng)分，抑制了枝條的正常生長。牡丹第一年種植后不舉行除芽工作，留下所有的枝條和芽子，任其自然生長。第二年春季，土芽伸長5-6cm時開始除芽，選出強壯的或分布均勻的枝條或土芽5-8個，別的的芽子用刀或用手所有清除凈。
牡丹嫁接后兩年內(nèi)，較好不讓其開花，春季發(fā)現(xiàn)有花蕾時及早除去。尤其采根供藥用的牡丹應云云。由于開一次花，要消耗大量的養(yǎng)分，影響植株根部生長，有的植株則出現(xiàn)暮年狀態(tài)。