牡丹常見的病害有紅斑病、灰霉病、褐斑病、銹病、炭疽病、白絹病。在牡丹的整個種植歷程中，往往由于天氣、土壤重茬及管理不善等多種因素導(dǎo)致病蟲害發(fā)生，以致危害牡丹的正常生長發(fā)育，使其長勢變?nèi)?，花色衰退，丹皮產(chǎn)量低，品質(zhì)差。因此，加強牡丹的病蟲害防治工作是保證其結(jié)實生長的重要措施。

上述病害的防治方式是：栽植前用500倍70%的托布津加新高脂膜800倍溶液浸根10分鐘。發(fā)病后用用50%多菌靈800倍液加新高脂膜800倍液噴霧。發(fā)生銹病須噴300倍敵銹鈉。牡丹的蟲害不多，重要有介殼蟲、蠐螬、卷葉蛾等。蠐螬咬食牡丹根頸部，發(fā)生較為普遍而嚴重。當發(fā)生蠐螬等地下害蟲為害時，可用5%的辛硫磷顆粒劑(每畝用藥2公斤)均勻撒施于土表，然后翻入土中(約20厘米)，防治效果良好。

在整個防治歷程中，要做到以防為主，群防群治。應(yīng)重視石硫合劑、波爾多液等傳統(tǒng)殺菌劑的應(yīng)用，在這些殺菌劑種加入新高脂膜，成本低，效果好。另據(jù)觀測，在牡丹地塊中適當間作一部門國槐、杏等喬木樹種，可有用降低葉部病害的發(fā)生，促進生長勢的加強，這可能是牡丹在其原產(chǎn)地長期適應(yīng)自然環(huán)境的效果。