牡丹和芍藥的較大區(qū)別在于牡丹是灌木，莖干為木質莖，而芍藥則是宿根草本，莖干為革質莖。
其他的區(qū)別另有：牡丹的葉片寬厚，正面綠色略呈黃色，而芍藥的葉片狹薄，葉片的兩面均為濃綠色；牡丹的花朵著生于花枝條頂端，花朵的直徑一般在20厘米左右，而芍藥的花朵單生于枝頂或近頂端的葉腋，花朵的直徑在15厘米左右。
另外，牡丹一般在4月下旬開花，而芍藥在5月上中旬開花，牡丹比芍藥早半個月左右開花。